Aunque la documentación de época musulmana es escasa, parece ser que en la Fraga de aquel periodo debió de coexistir una comunidad de cristianos, en un barrio marginal, que debió de disponer de iglesia propia. Quizá la tal iglesia no era más que una ermita extramuros, como apuntaba Salarrullana. Aquellos cristianos debieron perder poco a poco su indumentaria, para vestirse a la usanza árabe, y muchos de ellos debieron conocer dicha lengua, aunque la hablaran en cristiano o mozárabe. Queremos suponer que aquella comunidad minoritaria debió conservar numerosas costumbres ancestrales, inclusive lingüísticas, con sustrato del íbero, latín, visigodo, provenzal, o catalán, como apunta Pita Mercé en su Historia de Fraga antes de la Reconquista, publicada por La Casa de Fraga. Lo mismo debió ocurrir en la capital natural, Lleida, donde los cristianos debían tener sus reuniones periódicas dirigidos por algún pastor eclesiástico con funciones de obispo. De todos es sabido que la diócesis de Lleida había quedado suprimida oficialmente. Las más cercanas: Huesca, Urgel, Roda y Pamplona.
Medina Fraga, lo mismo que las medinas de Monzón, Graus, Lleida o Balaguer, eran plazas militares musulmanas que, desde el siglo X, se proyectaban bélicamente hacia las montañas de Ribagorza y Sobrarbe para recordar a los cristianos de aquellos valles que no debían tener pretensiones hacia la tierra llana, a la que aspiraban, y con la que, en ocasiones, debieron comercializar a través del Cinca y del Segre.
Por otro lado, los cristianos montañeses fueron configurándose en territorios políticos que cambiaron de manos en más de una ocasión. Por ejemplo, en el primer cuarto del siglo XI los valles aragoneses formaban parte del reino de Navarra. Ya en el año 981 el conde Isarno de Ribagorza quiso aproximarse a Monzón, con la mala suerte de estrellarse ante sus muros. En 1006 Abd al-Malik recorrió en sentido inverso el condado ribagorzano devastando la localidad de Roda, y llevándose prisionero –según las crónicas- al obispo Aymeric. El mismísimo monasterio de Alaón se vio obligado a pagar tributos a sus devastadores. Más al norte ya entraban en territorio galo.
Sin embargo, después del reparto testamentario efectuado por el rey Sancho el Mayor de Navarra, efectuado en 1035, correspondió a Ramiro el título de primer rey de lo que había sido hasta aquel momento el condado de Aragón. Este primer rey aragonés también intentó el asedio de Graus sin éxito. Lo mismo ocurrió en 1064, cuando los hombres de Aragón, de Sobrarbe y de La Ribagorza –entonces territorios independientes- fueron todos ellos rechazados en su efímera ocupación de Barbastro.
Algo similar ocurrió con el segundo rey aragonés, Sancho Ramírez, que pereció ante la ciudad de Huesca en 1094. Ciudad que parece que estaba muy bien protegida, con fuertes muros, como puede apreciarse en los restos conservados bajo los conocidos Porches. La pugna por apoderarse de territorios musulmanes había empezado. De todos es sabido que, para defenderse, los moros de Fraga y los de Lleida provocaron nueva irrupción en los valles nórdicos en el año 1122. Eran tiempos de tanteo. Los cristianos hicieron lo propio al año siguiente, acercándose peligrosamente a los términos de Fraga y a los de Lleida, de la mano del rey Alfonso I el Batallador, el cuarto rey aragonés.
Tras un periodo de pactos con el rey Ramiro el Monje, sucesor de su hermano Alfonso el Batallador, la política expansiva de los cristianos de Aragón, Sobrarbe y Ribagorza cambió de orientación. Los condes catalanes concordaron alianzas con los condados y reino vecino, materializando dichos pactos con el enlace matrimonial que iba a unir el esfuerzo reconquistador de todos ellos, bajo la dirección del conde de Barcelona. El conde catalán se convirtió en príncipe de Aragón y heredero del reino.
Ante las continuas amenazas de frontera, la unión de Aragón con Cataluña fue la solución por todos celebrada. Aquella unión de cristianos fue decisiva. Ya sabían que podían suscitarse desavenencias entre ambos territorios, por razón de leyes distintas, monedas, lenguas, o en la repoblación y reparto de territorios conquistados, pero sobre todo en la defensa de privilegios de nobleza. No obstante, los frutos positivos no se hicieron esperar: todos unidos bajo un mismo cetro, provocaron la capitulación –no la conquista- de todas las mejores plazas moras: Balaguer, Tortosa, Lleida y Fraga. La tropa musulmana de frontera no podía hacer otra cosa que retirarse hacia Mallorca, Valencia o Murcia. Sin embargo, numerosas familias sarracenas quisieron permanecer en los valles del Cinca, o en el Segre. De esta forma queda explicada la recuperación de la diócesis de Lleida, desde el día 24 de octubre de 1149. Con esa misma fecha se redactaban las capitulaciones con los moros de Fraga y Lleida. El predominio cristiano se plasmó precisamente en la restauración de la diócesis ilerdense a expensas de la diócesis de Roda que previamente había sido trasladada a Barbastro. Al fin, Fraga, feudo real, empezaba una nueva etapa históricamente unida a Lleida en todos sus aspectos. El hijo del conde de Barcelona, Alfonso II para los aragoneses, firmaba documentos con una fórmula muy peculiar: “Reinante en Aragón, en Sobrarbe, en Ribagorza, y marqués de Tortosa y Lleida…”. Fraga empezaba su nuevo periodo incorporada al marquesado de Lleida.