Tras el fallecimiento de doña Sibila de Montcada, el rey Jaime II deseaba incorporar Albalate de Cinca a su señorío real. En octubre de 1310 pedía al abad de Fontclara y a Bernardo de Biure, ambos manumisores del último testamento de la noble señora, para que le remitieran todas las escrituras referentes a dicha señora y al lugar de Albalate. Otras cartas similares fueron dirigidas a los manumisores del fallecido obispo de Lérida, Pedro, para conocer los derechos de la iglesia de Lérida sobre el lugar de Albalate y las posibles donaciones hechas por la citada doña Sibilia.
Situación abiertamente reconocida en otro documento de 1315, 28 de mayo, que hace mención a otra causa añadida: la insalubridad. En él se dice: “Atendiendo a que vos, religiosos, abad y convento del monasterio de Fontclara, a causa de la infección del lugar en el que se halla edificado vuestro monasterio, queréis trasladar dicho monasterio a otro lugar idóneo…”. Los frailes de Fontclara habían puesto su mirada en las cercanías del Zaragoza, junto al río Huerva.
Tras la declaración de que la Ribagorza debía pertenecer a Aragón y el Pallars a Cataluña, La Clamor de Almacellas sustituiría al Cinca como límite de fronteras. Oficialmente desde 1308 por ejecución de la promesa hecha en 1300 en las Cortes de Zaragoza a los aragoneses. No obstante, en 1311, el mismo monarca, Jaime II de Aragón, concedió la gracia que los ribereños pudiesen trasladarse libremente. De igual manera, según documento de 1312, confirmó todos los privilegios de protección del monasterio de Fontclara concedidos por sus antecesores. En 1313 el monasterio consta dependiente del sobrejuntero de Ribagorza, Sobrarbe y Valles, a quien le fue encomendado la protección del monasterio y de su abad Ramón de Orcau, por las deudas que había contraído don Ramón de Montcada sobre sus posesiones de Albalate, Montbrú y Fontclara. Desde esas fechas se sucedieron unos años de muchas tensiones. El baile de Albalate reclamaba salarios de siete años prometidos por Sibila de Cervera, viuda de don Ramón de Montcada. A todo ello hay que añadir un asesinato en Montbrú, y diversos robos en las viñas del monasterio por parte de algunos hombres de Albalate. El sobrejuntero, Guillermo de Castellnou, tuvo un oficio ajetreado.
Deseando Fontclara continuar con la construcción de la iglesia, recibió en 1315 el monedaje del lugar, pero las ayudas e ingresos resultaron insuficientes, y el abad y convento determinaron la solicitud de traslado del monasterio a otro lugar menos conflictivo y con mayores rentas. Fallecida también doña Sibila de Cervera, el abad fr. Arnaldo fue nombrado nuevamente manumisor de dicha noble, junto a Guillem de Biure, quienes debían tomar juramento y homenaje a todos los habitantes del lugar en favor del monarca, el cual había comprado Albalate y sus términos a los herederos de los Montcada por importe 20.732 morabatines. En agradecimiento de sus servicios, el abad de Fontclara fue autorizado para sustraer de la ciudad de Tortosa o de su término la cantidad de 60 cahices de trigo para las necesidades. También se le autorizó en 1316 a pasar por el puerto de Bielsa con un rocín de pelo rojo; seguramente fue a consultar con sus superiores en Francia el futuro del monasterio y su posible traslado. En ayuda del mismo recibió la confirmación de estar libre y franco de impuestos tales como: lezda, peaje, o por la comprar de materiales para la obra y mantenimiento del monasterio. El rey Jaime reclamaba del justicia de Barbastro que no cobrara dichos derechos como pretendía, y respetara el privilegio de franquicia sobre los mismos concedido por el rey Jaime I. En 1317 volvió a concedérsele autorización para extraer 700 cahices de trigo de Tortosa y llevarlos a donde deseara, con excepción de lugares de sarracenos. El infante Alfonso, señor de Alcolea, le confirmaba en 1318 la franquicia de traslado de mercancías por todos sus dominios.
Las diferentes agresiones ocurridas entre vecinos de Albalate y Alcolea contra los de Belver acabaron atrayendo a diversos malhechores, como al llamado Simón Rubey y su pandilla, que asolaron y devastaron el monasterio de Fontclara, haciendo daño a los monjes y a sus protegidos. El infante Alfonso, señor de Alcolea, mandó al baile de dicho lugar actuase con contundencia sobre dichos malhechores de la Ribera, de forma que no volvieran a incurrir en daño alguno sobre dicho monasterio. El hecho había ocurrido a principios de noviembre de 1324.
Al parecer, además de esta y otras agresiones posibles ocurridas con anterioridad, provocaron que el monasterio de Fontclara nunca estuviera sobrado de recursos. De 1325 se conservan diversas noticias encaminadas a la protección del abad –fr. Guillermo Ferrán- y monasterio albalateño. Por ejemplo las reclamaciones sobre el salario de Juan Negro que debía entregar al abad, según pleito encomendado a Guillem Pérez de Peyró, jurisperito de Barbastro. El mismo justicia de Aragón, Eximén Pérez de Salanova, fue requerido para intervenir en favor del convento de Fontclara, cuya abad consiguió del monarca nuevo privilegio de protección. O el ejemplo datado en 1326, pidiendo ayuda del infante Alfonso señor de Alcolea y Albalate, porque los repobladores a los que tienen dadas tierras y heredades a cambio de un censo anual se niegan a satisfacer su compromiso. Interviene en su favor el bayle de Albalate de Cinca, por orden del dicho infante. Dicho abad, que se llamaba fr. Miguel Ferran, reclamaba asimismo el trigo que los hombres del lugar se obligaron a dar para las necesidades del convento y cierta cantidad de dinero consistente en 16 s. 5 d.j. por media medida de vino que acordaron entre su antecesor fr. Arnaldo de Veyreda y algunos hombres, según firma hecha en la localidad de Alcolea. En general, la protección no sólo se extendió al monasterio sino a sus personas, al lugar de Montbrú, a la torre de Gall, a la torre que fue de García de Castellazuelo y otros lugares de su pertenencia.
Aún volvió a plantearse nuevo traslado en 1341, tampoco definitivo. De este propósito se han conservado noticias en varios escritores de la orden. Sin embargo, no se produjo el abandono de dicho monasterio, pues según un pergamino de la catedral de Lérida el monasterio de Fontclara estaba vigente en 1345. En dicho año el abad de Fontclara, fr. Arnaldo Fisón, estaba presente en la corte papal de Avinyó (Aviñón, Francia) demandando desde dicho lugar ayudas económicas de los frailes de Fontclara para proseguir la causa a favor de su monasterio. Le remitieron la cantidad nada desdeñable de 300 florines de oro.
Por los acontecimientos sucedidos en los años siguientes parece deducirse que el abad de Fontclara rogó al santo Padre el cambio de lugar de la fundación.