Al parecer, la primera comunidad que llegó al Cinca para ocupar el monasterio de Fontclara procedía del monasterio francés de Bonnefont, en la Gascuna. Posiblemente con la autorización de los monasterios de Poblet y de Santes Creus, centros repobladores de la llamada Cataluña Nueva –que comprendía desde el Llobregat al Cinca-Segre. Como todo buen monasterio, el de Fontclara no podía estar exento de leyendas y milagros que favorecieron su fundación. Se cuenta que los dos primeros monjes que llegaron al Cinca, deseando cruzar este río, no viendo por donde vadearle, decidieron pasarlo estirando sus capas sobre las aguas, y sobre ellas la corriente del agua les acabó transportando a la otra orilla, sin mojarse. Viendo los vecinos del lugar tal maravilla y santidad de los frailes decidieron ayudarles con sus limosnas y de este modo se construyó la mayor parte del monasterio. Los cuerpos de estos santos varones fueron enterrados en una ermita cercana al monasterio. Posiblemente en la desaparecida ermita albalateña de San Miguel.
La explotación de Fontclara debió ser eminentemente agrícola, típica especialización del císter. O sea, por el sistema de granjas. Contaba con un abad, varios frailes y un número indeterminado de conversos y donados. A este cenobio fueron concedidas las posesiones de “villa de Monte Bruno, turre dicta de Gall, turrem que fuit Garcie Castellazolo qui sunt ipsius monasterio et alia loca…”. Debemos entender la explotación agrícola del Monte de Bru, actualmente partida de Montbrú o Mombrú, junto a la partida de Fontclara. Como toda explotación cisterciense, la de Fontclara no pudo estar exenta de un molino harinero accionado con las aguas de la acequia de Albalate, de igual manera que las aguas de dicha acequia eran usadas por los hombres de Montbrú y los de Ripoll. Calavera, otra de las poblaciones cercanas –hoy despoblado sobre un montículo a tres kilómetros al norte de Belver de Cinca- estuvo ligado a la historia de Fontclara y a las villas citadas. Otras posesiones que pertenecieron al monasterio de Fontclara fueron: Palazuelo (en Fonz), la torre del Gall, la torre de García de Castellazuelo, San Salvador de Selgua, y los honores de Lascuarre y Laguarres.
El primer abad de Fontclara parece ser que correspondió a fr. Michael, procedente del monasterio de Lavaix (Francia). En 1241 estaba presente el citado abad de Fontclara en la querella contra el monasterio de Lavaix. En 1243 intervino junto al abad de Escarp en las diferencias por pastos entre los monasterios de Poblet y Santes Creus. Su vinculación a los monasterios citados se puso en evidencia en 1248, cuando entre el abad de Escarp y el de Benifazá, enzarzados en diferencias, vieron intervenir como mediadores a los abades de Fontclara y al de Santes Creus.
Con la muerte de Jaime I en 1276 todo apunta a que surgieron numerosas rencillas entre señores y nobles de la Ribera del Cinca. En el año 1279 de nuevo los abades de Fontclara y de Santes Creus fueron encargados de atender las controversias surgidas entre los de Poblet y la abadesa de Vallbona de Les Monges (Lérida). De nuevo Fontclara, junto al abad de Poblet, volvieron a intervenir en diferencias surgidas entre los monasterios de Escarp y el de Santes Creus después de la última fecha citada.
El rey Jaime II -nieto del Conquistador- aprobó en 8 de marzo de 1290 que el juntero de Ballobar -dependiente de Sariñena al segregarse del veguer de Lérida- mantuviera al monasterio de Fontclara en la posesión de ciertas posesiones del sobre el lugar de Ballobar. Dos días después, el mismo rey encargaba al abad de Alcolea de Cinca mediara en la causa entre el monasterio de Fontclara y Juan Pérez de Ballobar, prior de Ballobar, quien reclamaba las mismas posesiones. En 1292 el sobrejuntero de Osca -hoy Huesca- se puso a favor de Fontclara, fr. Ademado, sobre los valles de Portella y Portellada -nombre de las posesiones del monasterio- y satisfacer al de Fontclara los 200 sueldos que debían satisfacerle el centenar de sarracenos pobladores de dichos valles. Ese mismo año, el citado abad de Fontclara junto con Pedro de Torrefracta, canónigo de Lérida y Guillermo de Biure, todos ellos albaceas de doña Sibila, viuda de don Ramón de Montcada, intervinieron en la venta de Albalate de Cinca y sus términos, ante los procuradores reales Raymundo de Orcau y Pedro del Rey (Rege), sacristán de Lérida. Protestaron por dicha venta Berenguela de Montcada y su esposo Ramón de Anglesola, como herederos de Simón de Montcada, el hijo y heredero del citado Ramón de Montcada y doña Sibila. Gestiones éstas que finalizó don Ramón de Valls, canónigo de Lérida, por encargo del rey, con la participación del abad de Fontclara, Raymundo d’Orcau. Las posesiones de Albalate y sus términos pasaron a manos reales en 1294.
De nuevo el monasterio insistió en su traslado por la conflictividad que perduraba en las riberas del Cinca. El estudio de viabilidad de dicho traslado se encargó a los abades de Escarpe y al de Poblet: “item, super traslationem abbatiae Fontis Clari, de Populito et de Scarpio abbatibus conmitttitur, ut videant et inquirant diligentes de hac re que fuerint inquirenda et quid inde jecerint…”.
En agosto de 1295 el rey Jaime II notificó al veguer de Lérida y Pallars, Guillem de Redorta, que no debía ejercer jurisdicción sobre Albalate. Es decir, debemos entender que parte de esa conflictividad se mantenían porque las cuestiones de jurisdicciones señoriales no estaban zanjadas; para evitar intromisiones judiciales, el término de Albalate recayó en la jurisdicción del veguer de Ribagorza, alejándole del veguer de Lérida. Dos años después, o sea, en 1297, se produjo uno de los incidentes más desagradable que vivió dicho monasterio: fr. Johan Tolosana, fraile de dicho cenobio, había sido golpeado por varios vecinos de la localidad de Albalate, entre ellos los llamados: en Balech, den Ninot y dos hijos de Abrahim, sarraceno del lugar. Jaime de Comenges, baile del lugar Albalate, aplicó la justicia pertinente en nombre del rey. Desconocemos los motivos de aquella agresión al fraile de Fontclara.