El infante Juan había tenido muy buenas relaciones en sus primeros años con el obispo de Valencia, el fragatino Raymundo de Ponte. Ambos habían sido destinados a la vida eclesiástica en tiempos nada fáciles: supresión de los templarios o las tensas relaciones entre Castilla y la Corona de Aragón, dos territorios que pugnaban por el predominio peninsular.
Arzobispo de Toledo
El rey Jaime II de Aragón deseando introducir a su hijo el infante Juan en la política de Castilla, consiguió que fuera nombrado arzobispo de Toledo. Era el año 1319, cuando dicho infante sólo había cumplido los once años. El cargo de arzobispo implicaba además el oficio de Canciller de Castilla. El joven rey castellano Alfonso XI y la reina María de Molina consideraron al infante aragonés como un intruso. No obstante, las relaciones entre el infante Juan y el infante castellano don Juan Manuel, que ya era su cuñado, fueron excelentes. Para evitar conflictos, el papa Juan XXII confirmó el arzobispado a favor del infante Juan en 14 de noviembre del mismo año.
Preocupado el infante aragonés por su hermana Leonor, que hacía de dama de la corte en Castilla junto a su hermana Constanza, esposa del infante literato don Juan Manuel, consiguió que volviera a los territorios de su padre. Su influencia en Castilla llegó a ser enorme, siendo nombrado tutor del joven rey de Castilla. El papa dispuso en 1321 una bula en contrario dada la escasa edad del tutor real.
Las cosas se le complicaron al joven arzobispo aragonés a partir de una desavenencia con su cuñado el infante don Juan Manuel, marido de su hermana Constanza. En 1322 este le pidió unos servicios religiosos en el arzobispado de Toledo que don Juan rechazó; seguramente, como represalia a algunas anomalías cometidas por el rey de Castilla contra eclesiásticos castellanos. Quizá este fue el origen de la convocatoria de un Concilio en Toledo; concilio convocado por el infante Juan en 1323 y en el que la Iglesia castellana había de salir reforzada.
Nuevas desavenencias entre cuñados provocaron que la infanta doña Constanza cayera en una profunda depresión. Esto provocó una temporal separación con su marido, refugiándose doña Constanza en el castillo del castellano García Muñoz, donde se pasó varias jornadas llorando. El infante don Juan empezó a caer en desgracia y fue desposeído del cargo de Canciller mayor de Castilla. Además, no pudo evitar enfrentamiento con diversos obispos de la Corona de Aragón. Los prelados de Tarragona, Zaragoza, Valencia y Segorbe protestaron ante el papa porque el infante arzobispo se hacía presidir con la cruz alzada al cruzar los términos de aquellos obispados. Aún convocó un segundo concilio en 1326, en esta ocasión en la ciudad de Alcalá de Henares. Sin embargo, cansado de las presiones que ejercían sobre él en Castilla, pidió su traslado a Tarragona.
Arzobispo de Tarragona y Patriarca de Alejandría
El conocimiento de esta reseña biográfica no sólo debe acercar el personaje a nuestro conocimiento, como es nuestro propósito; sino que debe recordarnos algunas características de la península ibérica en el siglo XIV. En 1327, el infante Juan escribió al papa para que proveyera una colación a su doméstico y clérigo Arnaldo de Comes, lo que suscitó el recelo de Gastón de Montcada, entonces obispo de Huesca, que era procurador de la iglesia de la Corona de Aragón ante el Sumo Pontífice. Ese mismo año tramitó su propio nombramiento como arzobispo de Tarragona para paliar la salida del arzobispado de Toledo. Había reunido en su persona numerosas dignidades eclesiásticas en los reinos de Castilla, en la Corona de Aragón, en León, en la Corona de Aragón y en Portugal. Por ejemplo, poco antes de su muerte recibió los nombramientos de Patriarca de Alejandría, prior de la abadía de Montserrat y cargo de capellán personal del papa. Falleció en el año 1334, a los 33 años de edad.